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瓊海博鰲早在新石器時期就有人類活動印跡。現瓊海市博鰲鎮莫村村委會留客村西北約50米，緊靠萬泉河邊坎上，有新石器時期先民生活遺址。當地村民曾多次在此拾撿到石斧等新石器時期器物。據文化部門測算，該遺址文化堆積約0.5米至1米。

博鰲春秋萬泉河出海口處的博鰲紅石灘。蒙鐘德 攝

博鰲，漢朝隸屬珠崖郡玳瑁縣，至今已有2000多年的歷史。唐貞觀元年(627年)，設崖州都督府，后為瓊州都督府，博鰲屬瓊州管轄。貞觀十三年(639年)，瓊州府析置出容瓊縣，博鰲隸屬容瓊縣。唐顯慶五年(660年)時，置樂會縣，博鰲隸屬樂會縣。

宋代，聚居在博鰲的鄉民已有一定數量和規模，并建立了三江廟進行祭祀。元、明時期，樂會縣設“博鰲浦莫村都”進行管理。

清代，“博鰲浦莫村都”撤銷，莫村一帶劃入中珠鄉，又另外成立“博鰲鄉”，一直沿稱至1929年。

民國時期，行政區劃變化頻繁，現博鰲境先后隸屬于樂會縣一區和附城鎮。1930年撤銷“博鰲鄉”，劃歸樂會縣首善鎮。1947年改屬附城鎮管轄。

1950年，海南解放后，博鰲、朝陽屬樂會縣樂城鄉。此后博鰲行政區劃又數次更迭。1955年，設博鰲鄉，屬樂會縣;1958年12月，博鰲鄉并入朝陽人民公社，屬瓊海縣;1961年3月，從朝陽人民公社析出，設立博鰲漁業公社;1983年9月，撤銷公社，改稱博鰲區;1987年，博鰲區改為博鰲鎮;2002年4月，撤鄉并鎮，朝陽鄉及九曲江鄉的北山、北岸、沙美、培蘭等行政村劃歸博鰲鎮，隸屬瓊海市。

博鰲的名稱由何而來?鰲是傳說中的大龜，一說大鱉。有人說，過去博鰲市門前河中有兩塊巨石(20世紀50年代清除航道路障時被炸掉)，潮漲時被水淹沒，潮落后露出一半，就像兩只大海龜伏在水中，故稱“博鰲”;也有人說，是因博鰲東嶼島“酷肖一只悠然遨游的巨鰲”而得名。

最早記錄博鰲這一地名的文獻，是由瓊山進士唐胄纂修、明代正德十六年(1521年)成書的《瓊臺志》，不過該志將博鰲記作“博敖”。這部志書是存世的海南方志中最早的一種，其卷二十六“壇廟”中記載：“三江廟在縣(樂會)東十里博敖浦，宋天圣元年鄉人建，祀三江晶信夫人。”卷十二“鄉都”中有：“博敖浦莫村都(在縣東)。”卷二十一“海道”中提到：“會同調懶港半日至樂會博敖港。”“海道”中還臚列了海南島“東路烽堠”35個，“博敖”為其中之一。

地名命名，一般根據地理特征、歷史文化、社會意識等因素。以上兩種說法雖符合根據地理特征命名的慣例，但缺少有力依據。經查找相關資料，用“鰲”為地名命名的在全國有多處。《樂會縣志》中記載，博鰲地區以“鰲”起名的村莊還有坡鰲、波鰲、鰲頭、鰲峰等。今博鰲鎮田埇村委會仍有鰲峰上村、鰲峰下村，可見博鰲一帶的百姓對“鰲”情有獨鐘。